子宫内膜受卵巢分泌的性激素的刺激而有周期性改变，当子宫内膜剥离脱落时即有月经来潮，因此，在先天性无子宫或子宫发育不良，子宫内膜损坏或子宫切除的病例，即使卵巢功能健全，性激素分泌正常，也无月经来潮，这种闭经的原因在子宫，故又称子宫性闭经。
(1)先天性无子宫或子宫发育不良：属原发性闭经，因有正常的卵巢功能，因此，这些病人的外生殖器和第二性征发育良好，细胞遗传学检查性染色质为阳性、核型为46XX。
(2)子宫内膜损坏或子宫切除：如子宫内膜因受放射治疗破坏、刮宫过深或吸宫负压过高等，造成宫腔粘连所引起的闭经称Asherman氏综合征。严重感染如结核感染、产后或流产后感染等可损害子宫内膜。哺乳时间过长可使子宫内膜过度萎缩，甚至消失。
(3)子宫内膜反应不良：子宫内膜对卵巢激素分泌的性激素不起反应，无周期性改变，故无月经。